生物安全柜的過濾器是一種重要的防護組件，主要用于過濾空氣中的微生物、病毒、細菌等有害物質，保證實驗操作時的安全性。
生物安全柜的過濾器種類主要有以下幾種：
HEPA過濾器：HEPA是高效顆粒空氣過濾器（High Efficiency Particulate Air Filter）的縮寫，是目前最為常見的生物安全柜過濾器。HEPA過濾器可以有效過濾直徑大于0.3微米的顆粒物，包括細菌、真菌、病毒等微生物。
ULPA過濾器：ULPA是超高效顆?？諝膺^濾器（Ultra Low Penetration Air Filter）的縮寫，其過濾效率比HEPA過濾器更高，可以過濾直徑小于0.1微米的顆粒物。
活性炭過濾器：活性炭過濾器可以吸附空氣中的有機氣體和異味物質。
分子篩過濾器：分子篩過濾器可以去除空氣中的水分和有機物質。
UV燈過濾器：UV燈過濾器可以殺滅空氣中的微生物，對于特殊實驗需要高度無菌環境的生物安全柜來說是必不可少的。