放置在機柜內部的材料或設備可能會導致氣流中斷，從而導致湍流，可能的交叉污染和/或泄漏容器。額外的用品（如額外的手套，培養皿或燒瓶，培養基）應存放在櫥柜外。只有緊急工作所需的材料和設備才能放入生物安全柜中。
 
在開始工作之前，應**少運行箱式鼓風機五分鐘，以便機柜通過清除機柜內的任何微粒來“清除”。研究人員確定，應使用70％酒精（EtOH）或其他消毒劑擦拭窗框的工作表面，內壁和內表面，以符合特定活動的要求。請注意，漂白劑具有腐蝕性，任何用于凈化生物安全柜表面的漂白劑必須通過用水或70％乙醇沖洗以保證金屬表面經過足夠的接觸時間進行表面去污后去除。
 
在生物安全柜中工作時，員工應該戴上一次性手套和實驗服。置于柜內的所有材料和容器的表面應該用70％的酒精擦拭，以減少污染物進入機柜環境。用戶的手臂應直接進入生物安全柜，避免掃動，防止柜內氣流中斷。
 
人員應提前規劃他們將在生物安全柜內執行的操作，以避免意外污染文化。其中一種方法是將無菌培養物與去污和受污染物品分離開來。
所有容器和設備應在工作完成后進行表面消毒和去除。在工作日結束時，機柜的**終表面去污應包括擦拭工作表面，機柜的側面和后面以及玻璃內部。調查人員應摘下手套和長袍，并洗手，以此作為安全微生物實踐的**后一步。